Aunque creció huérfano, Nio Chirinu encuentra un lugar al que pertenecer: ser camarero en el restaurante de su abuela adoptiva. Pero esta paz no dura mucho; Nio y su hermana Iroha son utilizados como cebo para arrestar a secuestradores de niños por Toshizou Hijikata y Souji Okita, dos miembros de un infame grupo ronin llamado Miburo. Tras la terrible experiencia, Toshizou propone que Nio se una a las filas de Miburo y proteja al pueblo de Kioto.
Frustrado por su propia debilidad, Nio entrena para igualar la habilidad con la espada de sus nuevos camaradas. Aun así, lucha por ser aceptado por Tarou Tanaka y Hajime Saitou, los otros miembros de Miburo de su edad. Decidido a hacerse amigo de ellos, Nio debe descubrir su propio sentido de la justicia y fortalecerse para vencer a todos sus enemigos.
[Escrito por MAL Rewrite]